在支付了50%的股权对价款后，A公司是否能将B公司并表，取决于A公司是否已经获得了对B公司的控制权。根据企业会计准则，控制权的判断不仅要看股权比例，还要考虑其他因素，如实际权力的行使能力、其他股东的持股情况、股东协议中的特殊条款等。在工商变更完成之前，控制权可能存在不确定性。A公司需要评估是否实际上控制了B公司的财务和经营政策，以及是否存在其他支持其控制权的证据。如果A公司能够证明其控制权，即使工商变更手续正在进行中，理论上可以将B公司纳入合并范围。但如果存在重大不确定性或风险，通常建议等待变更完成再进行并表。