审计中的函证程序的替代性测试包括但不限于以下几种：

1. 检查内部记录：审计人员可以检查企业的内部记录，如销售发票、采购订单、银行对账单等，以验证账户余额和交易的准确性。

2. 直接与第三方联系：如果可能，审计人员可以直接与交易的另一方进行电话或电子邮件沟通，以确认交易的真实性。

3. 观察和检查：审计人员可以观察企业的日常运营，检查相关文件和实物证据，如库存盘点记录、固定资产登记簿等。

4. 管理层证明：要求管理层提供书面声明，确认某些账户余额或交易的准确性。

5. 使用外部数据源：利用公开可用的信息，如政府记录、信用报告或行业数据库，来验证信息。

替代性测试的缺点包括：

1. 可靠性降低：替代测试可能不如函证程序可靠，因为它们可能无法提供独立的第三方确认。
2. 证据质量下降：替代测试可能无法提供与函证相同级别的证据，特别是当涉及第三方确认时。
3. 主观性增加：替代测试可能更多地依赖审计师的判断，增加了审计风险。
4. 时间与成本：替代测试可能需要更多时间和资源，特别是在需要大量手动检查的情况下。
5. 潜在的误解：第三方可能对替代测试的请求不熟悉，导致响应不准确或延迟。

尽管函证程序的替代性测试在某些情况下是必要的，但它们通常被视为次优选择，因为函证通常被认为是获取可靠审计证据的最有效方法。