审计师在对企业研发部门进行询问时，可能会关注以下几个方面的问题：

1. 询问研发项目的立项、预算和实际支出，以了解研发投入的计划和实际花费是否在预算范围内。
2. 询问研发项目的进度和完成情况，包括项目是否按计划进行，是否存在延期或提前完成的情况。
3. 关注研发项目的资金来源，包括政府补助或其他外部资助的情况。
4. 了解研发项目的知识产权产出，如专利申请、技术秘密保护等法律事务。
5. 探讨研发团队的组织结构和关键人员的角色，以评估人力资源配置。
6. 询问研发项目的成本归集和资本化政策，以确认研发支出是否正确地资本化或费用化。
7. 了解研发项目的内部控制系统，包括项目审批流程、合同管理和合规性。
8. 询问研发合作和外包情况，包括与其他公司或机构的合作研发协议。
9. 关注研发支出的资本化和费用化的会计政策，以验证其合规性和一致性。
10. 评估研发项目的潜在经济利益，包括预期的商业化路径和盈利预测。

请注意，审计师还会关注研发部门的内部控制环境，以确保财务信息的准确性和完整性。此外，他们可能会询问关于研发项目的绩效指标和里程碑，以评估项目的成功与否。