对于上市实体，注册会计师通常需要与治理层沟通的事项通常包括审计中遇到的重大困难、对独立性的要求、值得关注的内部控制缺陷等。其中，审计准则要求注册会计师应当以书面形式及时向治理层通报值得关注的内部控制缺陷。此外，审计中遇到的重大困难、对重要性概念的运用、管理层舞弊或违反法律法规行为等也是沟通的重要内容。通常，审计师会在与管理层讨论后，再与治理层沟通这些事项，除非在某些情况下，这种沟通可能不适当。沟通的形式可以是书面或口头，但某些特定事项，如独立性、值得关注的内部控制缺陷，应当以书面形式进行沟通。因此，正确的沟通方式是：

A. 注册会计师应当以书面形式与治理层沟通审计中对重要性概念的运用。 B. 如果注册会计师在审计过程中遇到了重大困难，应当尽快与治理层沟通。 C. 关于独立性要求，注册会计师通常需要以书面形式与治理层进行沟通。 D. 如果注册会计师认为管理层舞弊或违反法律法规行为值得关注，应当与治理层沟通。

因此，正确的沟通方式是A、B和C。