小规模纳税人开具的增值税专用发票的税率通常是3%，而不是1%。根据现行增值税制度，小规模纳税人可以选择自行开具3%的增值税专用发票，或者在特定情况下，如果符合相关规定，可以申请税务机关代开3%的增值税专用发票。小规模纳税人自行开具或申请代开的增值税专用发票的税率通常是按照3%的征收率来计算销项税额。

如果小规模纳税人实际开具的增值税专用发票上的税率标注错误，例如显示为1%，这可能是由于开具发票时的疏忽或者其他原因导致的错误，但根据税法，这种发票的税率应该是3%。在纳税申报时，小规模纳税人应该按照3%的征收率来计算和申报应纳税额，而不是按照发票上的1%税率来申报。

因此，即使发票上显示的税率有误，纳税申报时仍需按照税法规定的3%征收率来扣税，而不是依据发票上的1%。企业应确保正确申报纳税，避免因税率错误导致的税务问题。如果小规模纳税人确实开具了1%税率的发票，但税务机关在审核时会按照正确的税率3%来计算应纳税额，企业应按照这一税率进行纳税申报。