累计摊销差异通常指的是企业在持有无形资产期间，由于会计估计或会计政策变更导致的累计摊销额与实际摊销额之间的差额。在审计在建工程时，如果发现累计摊销存在差异，审计师会调查原因，例如：

1. 会计估计变更：如果企业改变了无形资产的预计使用寿命或预计残值，这可能导致累计摊销额的变化。审计师需要确认这种变更是否符合企业会计准则，且是否已经按照适当的程序进行了充分的披露。

2. 会计错误：有时，累计摊销的差异可能是由于计算错误或录入错误导致的。审计师会检查会计记录，确保所有的会计处理都是准确无误的。

3. 无形资产的处置或出售：如果企业在无形资产处置或出售时，累计摊销的余额可能与实际摊销不符。审计师会核实这些交易的记录是否正确。

4. 无形资产的后续支出：如果企业在无形资产的开发或改良过程中产生了额外支出，审计师会检查这些支出是否被适当地资本化或费用化，以及累计摊销是否反映了这些变动。

5. 内部使用的软件：对于内部开发的软件，审计师会检查累计摊销是否反映了正确的摊销期限和金额。

在审计底稿中，审计师会详细记录这些发现，以支持其审计意见。如果发现累计摊销差异，审计师需要企业进行调整，以确保财务报表的准确性。