与集团公司合作研发的会计处理通常需要区分是合作各方各自独立研发还是存在委托研发的情况。如果集团公司和其子公司或联营公司共同进行研发，但各自保持独立的决策权和控制权，那么每一方应根据其在研发项目中实际投入的成本进行会计处理。各自承担的研发支出应按照《企业会计准则第6号——无形资产（2006）的规定，区分研究阶段和开发阶段的支出，并分别进行费用化或资本化。

1. 如果是研究阶段的支出，应当于发生时计入当期损益。
2. 而开发阶段的支出，只有在满足以下条件时才能确认为无形资产： a) 完成该无形资产以使其能够使用或出售在技术上具有可行性； b) 有完成并使用或出售无形资产的意图； c) 无形资产产生经济利益的方式可以被证明； d) 有足够的资源支持完成开发并使用或出售无形资产； e) 开发阶段的支出能够可靠地计量。

如果集团公司是合作研发的主导方，它可能需要根据权利和义务的一致性、费用支出和收益分享的比例，合理确定研发费用的分摊方法，并在合作方之间进行分摊，由各合作方分别根据分摊到的费用进行会计处理。

如果集团公司是委托另一家公司进行研发，那么被委托方发生的研发支出，按照费用实际发生额的一定比例（通常是80%）计入委托方的委托境外研发费用，且这部分费用不超过境内符合条件的研发费用的三分之二，可以在企业所得税前加计扣除。

因此，合作研发的会计处理需根据具体情况，可能涉及费用的分摊和资本化或费用化的判断，需要根据每个参与方在研发项目中的角色和责任来确定。