根据企业会计准则，非经常性损益通常涉及与正常经营业务无关或性质特殊、偶发的项目，其目的是揭示公司主营业务以外的收益和损失，以帮助报表使用者理解公司的经营业绩。具体到您给出的选项：

A) 上市公司修改股份支付安排导致的股份支付费用的调整，通常与公司的日常经营业务相关，因此，这种费用调整应计入经常性损益，而非非经常性损益。

B) 上市公司根据股权激励计划调整预计可行权的权益工具数量，这同样是公司正常管理决策的一部分，相关损益影响不应视为非经常性损益，而是反映公司持续经营的决策，因此，这部分影响应计入经常性损益。

C) 和D) 选项涉及非公允交易价格的情况。在交易价格显失公允的交易中，如果交易价格显著偏离公允价值，通常意味着这些交易不是公司日常经营的一部分，因此，超出公允价值的部分通常被视为非经常性损益。然而，未超过公允价值部分的损益，即使在显失公允的交易中，也可能反映的是公司正常经营的结果，所以这部分损益通常属于经常性损益。

因此，正确的说法是D，即在交易价格显失公允的交易中，超过公允价值部分的损益属于非经常性损益，而未超过公允价值部分的损益属于经常性损益。