员工差旅费中涉及的可以抵扣进项税的部分主要包括：

1. 航空运输费：如果员工出差乘坐飞机，取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单，可以按照公式计算进项税额进行抵扣：航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%。

2. 住宿费：只要确保发票开具无误，通常都可以抵扣进项税额，但需要注意，如果住宿费属于职工福利性质的范畴，比如报销的员工旅游、探亲等情况下的住宿费，或者属于交际应酬给予客户的报销，这类费用则不能抵扣进项税额。

3. 车辆租赁费：如果是租用租车公司的汽车，租赁费和按租赁合同约定承担的费用，可以直接按规定抵扣进项税额。

4. 交通费：取得增值税电子普通发票的交通费用，可以抵扣发票上注明的税额。

然而，业务招待费，如餐饮、娱乐等交际应酬产生的费用，其进项税额通常不允许抵扣。同样，如果差旅费中包含了个人消费、股东个人消费、交际应酬用途的费用，或者免税项目或简易计税项目编制人员的出差费用，也不能抵扣进项税额。

请确保所有报销的发票信息填写正确，增值税电子普通发票上的购买方“名称”“纳税人识别号”等信息应与实际抵扣税款的纳税人一致，否则不予抵扣。