在审计过程中，如果发现去年预估的奖金（bonus）显著高于今年实际发放的数量，审计师应采取以下程序：

1. 确认和分析差异：首先，审计师需要理解这种差异的原因，这可能涉及管理层的估计变更、业绩指标的变化、经济环境的影响或其他因素。

2. 询问管理层：审计师应与管理层讨论这一差异，了解其背后的具体业务理由和决策过程。

3. 检查相关文件：审计师应审查相关的预算文件、绩效评估报告、薪酬政策以及任何相关的董事会或管理层会议记录，以验证预估和实际发放奖金的依据。

4. 评估估计的合理性：审计师需要评估管理层在去年预估奖金时所采用的方法是否合理，以及今年实际发放的奖金是否符合公司的政策和行业实践。

5. 考虑对财务报表的影响：如果差异较大，审计师需要评估这对利润表和相关披露的影响，可能需要调整前期报表或在当前年度的报表中做出说明。

6. 测试内部控制：审计师应测试与奖金计算和发放相关的内部控制，确保其有效性和完整性。

7. 考虑对审计意见的影响：如果差异是由于重大的错误或舞弊导致的，审计师可能需要考虑其对审计意见的影响，可能需要发表非无保留意见。

8. 记录审计发现：审计师需要详细记录他们的发现和采取的程序，以便于审计工作底稿的完整性和后续的审计复核。

这些程序符合审计准则的要求，确保审计质量并保证财务报表的准确性和完整性。