当收到棚户区改造专项资金10亿元并记录在专项应付款时，这笔资金通常用于特定的改造项目。在支付相关开发成本时，这些支出会从专项应付款中扣除，计入开发成本。如果政府后来出具文件将这笔资金从专项应付款转到资本公积，这意味着这笔资金被视为对企业的资本注入，而不是负债。

在这种情况下，开发成本已经支付并记入了开发成本科目，这部分支出是企业实际发生的，不能因为资金性质的改变而从开发成本中转出。开发成本最终会随着项目的完成和资产的确认而结转。如果项目完成后形成了固定资产，那么开发成本会转为固定资产的成本，借记“固定资产”，贷记“开发成本”。如果项目产生了损失，可能会冲减资本公积，但这通常需要经过审计和管理层的批准。

因此，即使专项应付款转为了资本公积，已经支付的开发成本不会受到影响，仍然保留在开发成本科目中，直到项目结束时根据具体情况结转。这个过程应遵循《企业会计准则》中关于资本化和费用化支出的规则。