A、C。以下情况中，属于内部控制设计缺陷的有：

A) 验收人员出差期间，验收工作由采购部门人员代为执行 - 这可能导致验收的公正性和独立性受损，因为采购部门可能有利益冲突。

C) 请购单没有连续编号，请购业务的审批人员涉及各个部门 - 缺乏连续编号的请购单难以追踪和控制，而审批人员涉及多个部门可能导致职责不清，增加舞弊风险。

B) 如未收到卖方发票，被验收的原材料不能办理入库手续 - 这实际上是一种控制措施，旨在确保只有经过适当财务记录的物品才能入库，防止资产的不当记录。

D) 请购单既有仓库人员填制的，也有车间、管理部门人员填制的 - 这并不一定是缺陷，因为不同的部门可能有不同的材料需求，填写请购单是正常的业务流程。

因此，内部控制设计缺陷的选项是A和C。