企业在季度预缴企业所得税时，通常是基于当期的会计利润来估算应交税款。如果在季度申报时利润额为零，意味着没有应交的企业所得税。然而，到了财务报表的编制时间，如果经过详细的核算，发现年度累计利润为负数，这种情况通常会在年度汇算清缴时处理。年度汇算清缴时，企业需要调整会计利润与应纳税所得额之间的差异，并根据调整后的应纳税所得额计算实际应交的所得税。如果年度累计亏损，这部分亏损可以用来抵减未来年度的应纳税所得额，从而减少未来的企业所得税。

根据企业会计准则，亏损可以在以后的纳税年度中抵扣，因此，年度利润为负不会立即产生额外的所得税费用，反而可能会形成递延所得税资产，因为未来可以用来减少应交的所得税。企业在财务报表中需要披露这一信息，包括递延所得税资产的金额和计算依据。

总结来说，季度预缴的零利润与年度财务报表中的亏损并不冲突，年度亏损可以在后续年度抵扣税款，具体影响将在年度所得税汇算清缴时体现。