如果母公司百分百控股子公司，但将子公司的经营权承包给他人，这种情况下，子公司仍然被视为母公司的子公司，其财务报表应纳入母公司的合并财务报表。经营权的承包并不会改变母公司的所有权结构，因此，承包费及相关合同义务通常不会记录为母公司的其他非流动资产或其他权益工具投资。根据企业会计准则，这种情况下，母公司的合并财务报表应反映子公司全部的资产、负债、收入和费用，而承包协议的影响则体现在损益表中，即承包期内子公司产生的损益由承包人享有或承担，但这不影响子公司资产和负债的归属。因此，承包费相关的合同义务通常会体现在合并财务报表的负债部分，可能作为一项金融负债或其他类型的合同负债来记录。