税务机关在代开发票时通常会代扣代缴个人所得税的情况发生在个人提供劳务、财产租赁、偶然所得等应税所得时，如果这些个人不是法定的自行申报纳税人。例如，个人提供咨询服务、独立的自由职业者提供的服务、或者个人出租财产给企业等，如果这些个人没有注册为个体工商户或其他形式的纳税人，那么税务机关在为企业开具发票时，可能会按照预扣预缴的方式代扣个人所得税。

各地的执行标准可能有所不同，有的地方可能全额代扣，有的地方可能按一定比率代扣，如深圳的例子，按开票金额的1.5%代征个税。关键是要根据当地税法规定和税务局的具体要求来确定。企业在取得税务机关代开的发票时，应关注发票上的备注和当地税法规定，以确认是否已经代扣了个税，如果税务机关未代扣，企业作为支付方可能需要履行代扣代缴义务。