尼利和莫拉建议非营利组织实施以下最佳实践来准确跟踪租赁情况：

D) 使用为租赁管理量身定制的会计软件

采用专门的租赁管理软件可以帮助非营利组织有效地跟踪租赁合同，确保准确记录租赁付款、租赁期限、租赁类型（经营租赁或融资租赁）以及相关的会计处理。这种软件可以自动化租金计算、分期付款的账务处理，以及与租赁相关的会计信息披露，从而提高效率和准确性。

A) 仅在年底更新租金计算和B) 在所有情况下合并租赁部分和非租赁部分，都不是最佳实践。租金计算应根据租赁条款定期更新，而租赁和非租赁部分通常需要根据企业会计准则进行分拆和单独处理，以便正确反映各自的会计影响。

B) 选项错误是因为租赁和非租赁部分可能涉及不同的会计处理，因此不应简单地合并。

A) 选项错误是因为租赁的会计处理通常需要在整个租赁期内进行，而不只是在年底。及时更新租金计算和相关会计记录对于保持财务信息的准确性至关重要。