如果贵公司的员工个人所得税由另一家公司代付，这种情况通常发生在员工在两家公司都有收入，或者存在第三方人力资源公司处理薪资和税务的情况下。在这种情况下，贵公司需要在账务上反映这一事实，但关键在于贵公司是否收到了相应的发票或凭证来证明这一支出。如果贵公司收到了合法的凭证，可以按照以下步骤处理：

1. 当贵公司收到员工的工资单，计算出应代扣的个人所得税，借记“应付职工薪酬”，贷记“应交税费-应交个人所得税”。

2. 贵公司收到第三方公司代付个人所得税的发票或凭证，确认这笔支出，借记“应交税费-应交个人所得税”，贷记“银行存款”或“应付账款”，视具体情况而定。如果已经通过银行转账支付，那么贷记“银行存款”；如果还未支付，贷记“应付账款”，并在实际支付时再借记“银行存款”。

3. 如果第三方公司直接向税务机关支付了员工的个人所得税，贵公司需要确保有适当的文件记录，以便在税务申报时调整已扣缴的个人所得税。

请注意，所有的会计处理都应基于合法的发票和凭证，并符合当地的税法和会计准则。如果缺乏适当的文件支持，可能会影响贵公司的税务合规性和会计准确性。