银行冻结的款项在编制现金流量表时的处理取决于该冻结款项的性质和原因。如果冻结的资金是由于正常的经营活动中产生的，例如作为保证金或预付款项，那么这部分资金通常会在经营活动现金流量的相关项目中反映。如果资金被冻结是由于法律纠纷或其他非正常原因，这可能会影响企业的流动性，但不会直接影响经营活动的现金流量。

具体来说，如果该冻结款项是临时性的，且企业预期能够在未来解冻并使用，可能不需要在现金流量表中特别扣除。然而，如果冻结导致企业无法自由支配该资金，可能需要在附注中披露这一限制性现金的信息。

在确定如何处理时，需要根据具体情况进行分析，包括但不限于理解资金冻结的原因、预期解冻的时间和条件，以及对企业现金流的实际影响。如果资金确实不可动用，可能需要在现金流量表的附注中说明这一特殊事项，而不是直接从现金余额中扣除。

请注意，会计处理应遵循企业会计准则的相关规定，并结合实际情况和专业判断来执行。