在首次承接审计业务时，如果应付账款期初余额和期末余额都很小，且本期发生额也很小，但上期发生额较大，注册会计师应当考虑上期余额对本期财务报表的影响。虽然本期金额不大，但上期的大额交易可能对理解客户的业务模式和交易性质至关重要。根据《中国注册会计师审计准则》，审计师需要获取充分、适当的审计证据以确定期初余额的准确性，因为期初余额会影响本期的财务报表。

因此，即使本期应付账款的金额不大，审计师仍然可能选择对上期的大额交易进行函证，以验证期初余额的正确性。这有助于发现可能存在的错误或舞弊，并确保财务报表的公允反映。审计师可能会选择对代表性样本进行函证，或者根据具体情况决定是否全部函证上期大额交易。不过，是否需要单独针对上期发生额发往来函证，还需要结合审计的重要性水平、风险评估和其他审计程序来综合判断。