对于内部研发形成的无形资产，加计扣除的处理方式如下：

1. 研发费用阶段：在研发阶段，企业发生的研发支出，如果不符合资本化条件，即在研究阶段的支出，应当在发生时计入当期损益。这部分支出在税法上可能允许按照实际发生额的一定比例（例如50%）加计扣除，具体比例取决于当地的税法规定。

2. 无形资产形成后：当研发项目进入开发阶段并满足资本化条件，形成无形资产时，企业会将这部分支出资本化，计入无形资产。在无形资产的摊销期间，企业可以按照无形资产成本的150%进行摊销，即在税前扣除的摊销额是无形资产成本的150%。

所以，对于100万的研发支出，如果形成无形资产，企业首先会在研发阶段享受一部分加计扣除（比如50%即50万），然后在无形资产的摊销期间，每年可以按照150%的无形资产成本（即150万）进行税前扣除，而不是再次对100万进行200%的扣除。

请注意，具体的加计扣除政策可能会因国家和地区税法的不同而有所变化，企业应参照当地税法规定执行。