在合并财务报表中，如果抵销长期股权投资和其他实质上构成对合营企业净投资的长期权益后的净额与实收资本等所有者权益项目的差额，应当按照以下方式处理：

1. 如果前者（即抵销后的净额）大于后者（即实收资本等所有者权益），差额首先抵减与该投资相关的商誉。如果商誉不足抵减，剩余的差额会调增比较财务报表最早期间的期初留存收益，这通常包括未分配利润。

2. 如果前者小于后者，差额应当冲减比较财务报表最早期间的期初留存收益，包括未分配利润。

因此，根据企业会计准则，剩余的差异会体现在未分配利润中，可能是增加或减少，具体取决于差额的正负。