国家重点扶持的公共基础设施项目享受三免三减半的税收优惠，意味着在特定的年份内，企业所得税的计算需要进行纳税调整。纳税调整额的计算方法如下：

1. 在免税期间（第一年至第三年），企业无需为这部分所得缴纳企业所得税，因此，纳税调整额等于这三年内项目的应税所得额。
2. 在减半征收期间（第四年至第六年），企业只需为一半的所得缴纳企业所得税，所以纳税调整额等于这三年内项目所得额的一半。

在年度汇算清缴时，企业需要将这些减免的所得税影响体现在纳税调整表中，以确保计算出正确的应纳税所得额。具体操作时，企业应根据实际经营情况，将免税和减半征收的所得税优惠从利润总额中扣除，以计算出应交所得税。如果涉及递延所得税的调整，应根据企业会计准则第18号——所得税的相关规定处理。