根据企业会计准则，固定资产的入账价值应当反映其公允价值。在这个案例中，企业从员工手中回购电脑的价格是2000元，这反映了该电脑在回购时的公允价值。因此，固定资产应按照2000元入账。至于增值税专用发票的处理，由于原始购买时的进项税额已经在购入电脑时抵扣，当电脑被回购时，如果发票金额与回购价格不符，企业应根据实际支付的金额2000元调整固定资产的账面价值，并相应调整增值税进项税额。如果原进项税额未全部抵扣，应按比例转出未抵扣部分。具体会计分录可能包括借记“固定资产清理”科目，贷记“固定资产”科目，同时根据回购价格调整进项税额。如果已经全部抵扣，可能需要做进项税额转出的处理。但详细分录需要根据实际情况和剩余进项税额来确定。