竣工决算审核报告通常由造价咨询公司编制，它详细核算和分析工程项目的实际成本，包括建筑安装工程投资支出、设备购置、待摊投资等，确保工程成本的真实性和合规性。而财务决算审计服务则是由会计师事务所提供，主要目的是对企业的财务报表进行独立审计，确认其财务状况、经营成果和现金流量的准确性，包括对合并财务报表的编制是否符合企业会计准则进行审查。

在财务决算审计中，会计师事务所会检查财务报表是否按照相关会计准则编制，包括但不限于合并财务报表的处理、会计政策和估计的适用性、关联方交易的披露、重要会计政策和估计的变更等。此外，审计师还会关注内部控制的有效性、审计证据的充分性和适当性，以及财务报表的披露是否充分和准确。

两者的区别在于，竣工决算侧重于工程项目成本的核算，而财务决算审计则关注整个企业的财务表现和合规性。两者都是确保财务信息质量的重要环节，但涉及的专业领域和责任主体不同。