小规模纳税人异地项目开具3%增值税专用发票5万元，根据增值税相关规定，小规模纳税人提供建筑服务，应当在建筑服务发生地预缴增值税。因此，需要预缴税款。预缴税款的计算通常是按照项目收入乘以预征率，预征率通常为3%。所以，预缴的增值税金额为5万元 * 3% = 0.15万元。

除了增值税，小规模纳税人还需要关注可能涉及的其他税种，例如城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等，这些通常是基于实际缴纳的增值税额来计算的。但具体是否需要预缴以及税率多少，会因地区政策不同而有所差异，需要参照当地税法规定。

请注意，小规模纳税人预缴的增值税会在其季度或年度申报时与应纳增值税进行抵减，以确定实际应缴纳的税款。如果预缴税款超过了应纳税额，超出部分可以申请退还。