根据企业会计准则和增值税核算制度，你们公司在8月29日收到的废旧物资处理费9539.82元应该在8月份的增值税申报中体现。由于你们在9月5日开具了增值税专用发票，这意味着8月份已经确认了收入，因此这笔收入应计入8月份的销项税额。

假设废旧物资处理适用的增值税税率是13%，那么销项税额计算如下： 销项税额 = 废旧物资处理费 / (1 + 增值税率) * 增值税率 销项税额 = 9539.82 / (1 + 13%) * 13%

计算出销项税额后，将其计入“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目，并汇总到8月份的增值税申报表中。同时，9539.82元作为收入，应记入相应的收入科目，例如“主营业务收入”或其他相关收入科目。

请注意，实际操作中，具体的税率和会计处理可能会根据当地税法和公司的具体情况有所不同，所以请根据你们当地的税法和会计政策进行调整。