对于历史账套中未分配利润科目余额存在大偏差的情况，企业应当根据企业会计准则第28号-会计政策、会计估计变更和差错更正（2006）来处理。首先，需要识别这种偏差是由于会计错误、会计估计变更还是其他原因造成的。如果是会计错误，应当追溯重述前期财务报表，调整受影响的项目，如净利润、应交税费、盈余公积等，直至调整到正确的未分配利润余额。

具体步骤如下： 1. 分析偏差的原因，确定是前期差错还是会计政策变更。 2. 如果是前期差错，评估其重要性。如果重要，采用追溯重述法，调整相关期间的净利润、应交税费、盈余公积等科目，直至调整未分配利润科目至正确余额。这通常涉及编制“以前年度损益调整”科目来过渡。 3. 如果调整前期数据不切实可行，可以在发现错误的当期直接调整未分配利润科目，同时在财务报表附注中详细披露这一处理方式和原因。 4. 调整后，需要重新计算和调整盈余公积，包括法定盈余公积和任意盈余公积。 5. 在财务报表中，根据调整情况重新列报比较财务报表，确保信息的准确性。

在调整过程中，企业应确保所有调整符合会计准则的要求，并在财务报表附注中充分披露相关信息，包括差错的性质、调整的金额以及处理方法。