企业将农民工工资发放给在职交医社保的人员可能会面临以下法律风险：

1. 违反劳动法规：如果企业将农民工工资发放给已经在职并缴纳医社保的人员，可能涉及虚假雇佣、逃避劳动法规定的义务，如未为农民工缴纳应有的社保和公积金，这违反了《社会保险法》和《劳动合同法》。

2. 税务风险：这种操作可能导致逃税或避税，因为工资发放应基于真实的工作关系，如果被税务机关发现，企业可能需要补缴税款、滞纳金，并可能面临罚款。

3. 法律责任：如果被发现存在欺诈行为，企业可能面临行政处罚，包括但不限于警告、罚款，甚至可能被吊销营业执照。同时，企业可能需要承担民事赔偿责任，因为这种做法可能侵犯了农民工的合法权益。

4. 声誉损害：这种行为一旦曝光，会对企业的社会形象和商誉造成负面影响，可能导致客户、供应商和员工的信任度下降。

5. 劳动争议：农民工和在职员工都可能因为工资和福利问题提起劳动仲裁或诉讼，企业需要承担解决争议的成本和时间。

因此，企业应确保工资发放基于合法的劳动关系，并遵守所有相关的劳动法规和税务规定，以避免上述法律风险。