根据中国的税法规定，增值税发票应当按照实际购货（接受服务）的企业或个人的名称开具。如果公司名下的车辆办理ETC是用于企业的生产经营活动，且费用实际上是由公司承担的，那么按理应当由公司名义开具发票。

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的有关规定，取得的与生产经营有关的货物购进、加工修理修配劳务、接受服务、不动产和无形资产的增值税专用发票、普通发票等可以作为抵扣税额的凭据。

如果ETC的电子发票是以司机个人的名义开具的，这通常不符合上述规定，因为从名义上它不属于公司的经营活动。但是，税法也允许在一定条件下，个别情况下使用非本单位名义的发票可以作为税前扣除凭据。

在实际操作中，企业应遵循税法规定，尽可能以公司的名义进行ETC业务的登记和发票的开具。如果由于特殊情况，发票已经以司机个人名义开具，公司需要提供相应证明文件说明情况，并咨询当地税务机关是否可以接受作为税前扣除的凭据。

总之，涉及到发票使用问题时，建议企业先核实实际情况，并与当地税务机关沟通确认，以确保符合税法规定，避免日后税务处理上的麻烦。