用户问题属于企业会计处理范畴，需按照《企业会计准则》进行处理。

首先，我们必须考虑总公司和分公司之间是否存在被同一方控制的情况，即是否属于同一控制下的企业。在大多数情况下，分公司作为总公司的组成部分，是由总公司控制的。

根据《企业会计准则第33号—合并财务报表》的相关规定，合并财务报表应当将母公司和子公司的财务报表合并。在合并财务报表中，母公司与子公司之间的内部交易和债权债务的余额、收益成本的实现金额，应当予以抵消。

在您提出的案例中，总公司签合同而付款和开具发票给分公司，实际上体现了内部的往来关系。在编制合并财务报表时，总公司与分公司之间的相关收付款项应作为内部往来进行抵消处理。

针对分录处理，根据《企业会计准则第14号—收入》的规定，总公司对外签订的合同应当在满足收入确认条件时，在其个别财务报表中确认相关的收入和成本。同时，分公司接收付款和开具发票的行为，也应当在其个别财务报表中反映相应的收付款项和预收账款或应收账款等。

综上所述，在处理这类交易时，需要根据实际的业务内容、合同条款及双方之间的控制关系进行具体分析，并据此确认收入、费用和应收应付款项等会计科目。在编制合并财务报表时，需对总公司与分公司之间的内部交易进行必要的抵消处理。