根据企业会计准则第1号—存货-第十四条，企业应当采用先进先出法、加权平均法或者个别计价法确定发出存货的实际成本。采用先进先出法，先购入的存货应先发出。

在本案例中，企业采用先进先出法核算原材料，因此发出的甲材料实际成本计算如下：

1. 首先发出3月1日库存的甲材料500千克，成本为3,000元。
2. 然后发出3月5日购入的甲材料400千克（因为需要发出900千克，已经发出500千克，所以剩余400千克），成本为7,440元/1,200千克*400千克。

计算结果为： 3,000元（期初库存成本）+ (7,440元/1,200千克*400千克) = 3,000元 + 2,480元 = 5,480元。

因此，该企业发出的甲材料实际成本为5,480元。