在连续编制合并报表的情况下，如果在控制权取得日后第三年年末，需要将母公司个别报表中第一年和第二年的长期股权投资从成本法追溯调整为权益法，应当按照《企业会计准则第2号——长期股权投资》的规定处理。这种调整是对前期差错的更正，因为按照准则，自取得控制权之日起，对子公司的投资应当采用权益法核算。

追溯调整时，应将原成本法下确认的投资收益调整为按权益法核算应确认的份额，这会导致对留存收益的调整。贷记的科目通常包括：

1. 投资收益（贷方），以反映追溯调整期间母公司应享有的子公司净利润份额。
2. 资本公积——其他资本公积（贷方），用于调整由于子公司其他综合收益变动应归属于母公司的部分。
3. 盈余公积和未分配利润（贷方），以反映对留存收益的调整。

同时，需要检查是否需要调整由于子公司分派的现金股利而确认的应收股利科目，以及是否需要调整长期股权投资的账面价值。

请注意，这种调整应当遵循《企业会计准则第28号——会计政策、会计估计变更和差错更正》中的追溯调整法，调整列报前期最早期初留存收益，并相应调整财务报表其他相关项目。如果追溯调整不切实可行，则应采用未来适用法。