根据企业会计准则第33号——合并财务报表（2014）的规定，判断是否应将B公司纳入合并范围的基础是A公司是否拥有对B公司的控制权。虽然A公司已经支付了50%的股权对价，但这并不自动意味着A公司拥有对B公司的权力。控制权的判断需要考虑A公司是否有能力主导B公司的相关活动，包括但不限于持有表决权的比例、其他股东的分散程度、合同安排、实际行权的能力等因素。

在A公司支付了50%股权但尚未完成工商变更的情况下，如果A公司能够证明它已经具备了主导B公司相关活动的能力，即使工商变更手续尚未完成，也可能被视为拥有控制权。然而，如果工商变更尚未完成，可能存在法律上的不确定性，这可能会影响A公司实际行使权力的能力。因此，A公司在这种情况下是否能将B公司并表，需要具体分析A公司是否满足控制的所有要素，包括实质性权利和实际能力来行使这些权利。

如果A公司能够证明其对B公司的控制权，即使工商变更手续正在进行中，根据准则，A公司应当将B公司纳入合并财务报表的合并范围。否则，如果控制权尚未建立，B公司不应被并表。