从内部控制和风险管理的角度来看，这个过程存在以下几个问题：

1. 决策的及时性和一致性：管理层在2023年1月13日审批通过年终奖发放，但在短短三天后又要求退回，这表明决策流程可能存在不稳定性，缺乏明确的绩效评估标准和一致性。这可能会导致员工对公司的信任度下降，同时增加管理上的混乱。

2. 绩效评估的准确性：如果业绩不达标是退回年终奖的原因，那么绩效评估标准和过程可能不够严谨或透明。有效的绩效评估应该在年终奖计算和发放之前完成，而不是在奖金发放后。

3. 内部控制流程的执行：尽管有逐层审批的付款流程，但未能在最初就识别出潜在的业绩不达标问题，这可能意味着绩效评估和奖金审批之间的沟通和信息传递存在问题。

4. 财务控制的灵活性：在如此短的时间内两次处理同一笔付款，显示财务部门可能缺乏足够的灵活性来应对快速变化的情况，或者没有充分的机制来防止不必要的支付变动。

5. 合规性风险：根据会计准则，如果年终奖需要退回，应当在需要退回的当期进行会计处理。在本例中，如果2022年的年终奖已经在2022年计提，那么2023年1月16日的退回应当作为2022年的调整，这可能涉及到会计调整和报表重述，需要确保符合会计准则的要求。

6. 沟通和反馈机制：管理层的决定和沟通似乎没有充分考虑到可能的法律和财务后果，以及对员工士气的影响。一个健全的系统应包含有效的沟通渠道和反馈机制，以确保所有决策都经过深思熟虑。

为了改进这种情况，公司应强化绩效评估标准，确保决策流程的稳定性和一致性，加强内部沟通，提高财务控制的灵活性和合规性，并建立更有效的风险管理框架。