内部控制审计和外部审计在程序上存在显著差异：

1. 审计目标设定：内部控制审计的目标是评估和验证内部控制系统的有效性和合规性，而外部审计的目标是确认财务报表的合法性和公允性。

2. 审计范围：内部控制审计通常涉及对所有控制流程的详细审查，以确保其设计和运行的有效性。外部审计虽然也会评估内部控制，但其重点在于财务报表的准确性。

3. 审计程序：内部控制审计可能包括穿行测试、符合性测试和控制测试，以确定控制是否按设计运行。外部审计可能进行穿行测试以了解内部控制，但主要依赖实质性测试来验证财务信息。

4. 审计证据：内部控制审计需要收集关于控制运行的证据，而外部审计则需要收集支持财务报表金额和披露的证据。

5. 审计责任：内部控制审计师通常对内部控制的有效性发表意见，而外部审计师对财务报表发表审计意见。

6. 报告编制：内部控制审计的报告可能详细描述控制的强项和弱点，而外部审计报告主要关注财务报表的审计结果。

7. 审计频率：内部控制审计可能更频繁，如年度或季度，以监控控制的持续有效性，而外部审计通常每年进行一次。

8. 审计人员的角色：内部审计人员是组织的一部分，可能更关注内部管理和改进，而外部审计人员是独立的第三方，其立场更加客观。

9. 审计时间线：外部审计通常在财务报表编制完成后进行，而内部控制审计可能贯穿全年，与日常运营同步。

这些区别反映了两种审计类型的不同焦点和方法，它们在确保财务报告质量和企业治理的可靠性方面都发挥着关键作用。