根据企业会计准则第14号——收入（2017）-第五章 特定交易的会计处理-第三十八条，对于售后回购交易，企业应当区分两种情形进行会计处理。在本案中，甲公司与丙签订的对赌协议涉及未来利润未达标时的股权收购款返还，这属于或有对价的一种形式。根据企业会计准则第37号——金融工具列报（2017）-第五章 金融资产和金融负债的抵销-第三十条，抵销权应当不取决于未来事项，且在企业和所有交易对手方的正常经营过程中，或在出现违约、无力偿债或破产等各种情形下，企业均可执行该法定权利。

甲公司将预计收回的款项确认为交易性金融资产，这表明甲公司预期将有权获得与客户所放弃的合同权利相关的金额，并按照客户行使合同权利的模式按比例将上述金额确认为收入。然而，甲公司以丙存在舞弊且已向公安机关报案为由，要求不对其实施函证。在这种情况下，注册会计师实施了替代审计程序，以确保审计证据的充分性和适当性。

因此，注册会计师的做法是恰当的，因为通过实施替代审计程序，注册会计师能够获取关于或有对价和交易性金融资产的直接证据，这有助于确保审计证据的充分性和适当性。同时，注册会计师应记录审计过程和结果，并在审计报告中披露相关信息，以反映审计过程中的实际情况。