在同一控制下的企业合并中，如果合并方支付的合并对价超过被合并方净资产账面价值的份额，差额会调整资本公积，资本公积不足时再调整留存收益。这部分留存收益反映了合并日的账面价值调整。当被合并方被注销时，理论上不需要单独处理这部分留存收益，因为它已经体现在合并方的资本结构中。如果被合并方的资产和负债被整合到合并方，其留存收益也会并入合并方的留存收益。在合并方后续的财务报表中，这部分留存收益会作为合并方留存收益的一部分进行反映和管理。如果涉及处置或清算，相关的损益会根据企业会计准则进行处理，可能会影响资本公积和留存收益的余额，但不会单独针对原合并时产生的留存收益部分进行特殊操作。