合伙企业的个人所得税处理遵循“先分后税”的原则，即合伙企业的所得首先在合伙企业层面不缴纳企业所得税，而是将所得分配给各个合伙人，然后由合伙人根据其分配的所得各自申报并缴纳个人所得税。个人合伙人需要根据其从合伙企业分得的收入，减去合伙企业经营过程中的成本、费用和损失，计算出应纳税所得额，然后按照个人所得税的税率表来计算应缴纳的税款。

在申报时，个人合伙人需要根据合伙企业提供的年度K-1表格，该表格详细列明了合伙人应分得的收入、扣除项目和分配比例。个人合伙人将这些信息填写在个人所得税申报表上，如中国的个人所得税年度汇算清缴申报表，然后根据当地税法规定进行申报和缴纳。

请注意，如果合伙人是法人实体，那么法人合伙人需要根据其在合伙企业中分配到的应纳税所得额，将其并入自身的应纳税所得，计算并缴纳企业所得税，而不是个人所得税。

在处理层层穿透的合伙企业时，即合伙企业投资于其他合伙企业或公司，最终的个人所得税计算需要考虑所有中间层级的分配和税收处理。每个层级的合伙企业都会按照上述原则将所得分配给其合伙人，然后逐层向上直至最终的个人合伙人。

因此，个人合伙人需要跟踪所有中间环节的分配，确保正确计算其应承担的税负，并在年度汇算清缴时进行申报。在实际操作中，这可能涉及复杂的税务计算和合规要求，建议咨询专业的税务顾问以确保准确无误。