员工费用报销中，可以开增值税专用发票并抵扣进项税额的项目通常限于企业正常经营过程中的支出，比如办公用品、差旅费中的住宿费（如果符合规定）、会议费等。但是，需要注意的是，一些特定的费用即使有专票也不能抵扣，例如：

1. 餐饮费用：购进餐饮服务的进项税额是不得抵扣的，所以即使取得增值税专用发票，也不能用于抵扣。
2. 个人消费：如果费用是用于员工的个人福利，比如个人的交通费、餐补等，即使有专票也不能抵扣。
3. 简易计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费相关的支出，其进项税额也是不允许抵扣的。

因此，企业在处理员工费用报销时，需要区分费用的性质，确保只有与企业经营直接相关的费用，且符合抵扣条件的，才能进行进项税抵扣。