A公司在这种情况下，需要根据合同条款和企业会计准则来处理这一违约金支出。根据提供的信息，A公司需要支付217.35万元的违约金，这是由于B公司提前终止协议导致的。A公司的会计处理如下：

1. 确认违约金支出：A公司需要将支付的违约金确认为一项费用，这通常体现在“营业外支出”科目中。借记“营业外支出”，贷记“银行存款”或其他相关付款科目，金额为217.35万元。

2. 扣取保证金：如果A公司之前为该包机协议支付了保证金，且现在这部分保证金被用来抵扣违约金，那么A公司需要调整保证金的账面价值。借记“预付账款-保证金”（或类似的科目，取决于A公司如何记录保证金），金额为217.35万元，贷记“银行存款”或其他相关收款科目，以反映保证金的减少。

请注意，具体的会计处理可能还需要考虑A公司的会计政策以及适用的税法规定。如果保证金的处理方式在合同中有特殊约定，可能需要根据合同条款进行调整。此外，如果保证金的金额超过了违约金，剩余部分应根据合同规定进行处理，可能是退还给A公司，也可能是用于其他目的。