如果C公司是甲公司的孙公司，意味着甲公司间接持有C公司的股权。当B公司（甲公司的子公司）出售其持有的C公司股权时，甲公司在合并财务报表中需要考虑这一交易的影响。根据企业会计准则，甲公司需要将B公司的这部分股权视为其直接持有，并根据B公司出售股权时的公允价值调整其在C公司的间接持股比例。

在合并财务报表中，甲公司应当按照B公司出售股权的公允价值重新计量剩余的间接持股，与原持股比例计算的应享有C公司净资产份额之间的差额，计入投资收益。同时，与C公司股权投资相关的其他综合收益等，应当在丧失控制权时转为当期投资收益。

需要注意的是，如果B公司出售的股权导致甲公司对C公司的控制权发生变化，例如从控制变为共同控制或重大影响，那么甲公司需要按照企业会计准则第33号——合并财务报表的相关规定，对剩余股权进行相应的会计处理，如从成本法转为权益法核算。