当子公司被注销时，母公司在合并财务报表中需要进行相应的会计处理。根据企业会计准则，母公司的处理通常包括以下步骤：

1. 抵销长期股权投资与子公司所有者权益： 母公司需要将长期股权投资的账面价值与子公司所有者权益中母公司的份额进行抵销。

2. 处理子公司资产和负债： 子公司的资产、负债应当从合并资产负债表中移除，因为它们不再属于合并实体的一部分。

3. 处理留存收益： 如果子公司有留存收益，这部分需要在合并财务报表中进行调整，可能涉及对母公司投资收益的确认。

4. 处理其他综合收益： 与子公司股权投资相关的其他综合收益，应当在子公司注销时转为当期投资收益。

5. 坏账准备和投资损失： 如果子公司注销前无法偿还母公司的借款，母公司的其他应收款需全额计提坏账准备，并可能确认投资损失。

6. 抵减分录： 可能涉及抵减分录，以反映子公司注销对合并财务报表的影响。

请注意，具体的会计处理可能会因子公司注销的具体情况（例如，是否有亏损、是否存在未实现的利得或损失等）而有所不同。在实际操作中，应根据具体情况和适用的会计准则进行详细分析和处理。