在非同一控制下的企业合并中，子公司持有的子公司的商誉通常不直接体现在合并财务报表中，而是需要按照以下步骤处理：

1. 商誉的初始确认：子公司在收购其下属子公司时，可能会形成商誉，这是子公司支付的对价超过取得的可辨认净资产公允价值的差额。

2. 合并财务报表的处理：当母公司购买子公司时，它合并的是子公司100%的净资产，包括子公司自身的资产、负债以及子公司持有的子公司的投资。子公司持有的子公司的商誉被视为子公司的一项资产。

3. 商誉的重新计量：在非同一控制下的合并中，母公司需要根据子公司净资产的公允价值来重新计量其长期股权投资，这包括子公司拥有的所有资产和负债的公允价值，包括子公司自身的商誉。

4. 合并商誉的计算：母公司在合并财务报表中计算的商誉，是支付的合并对价减去子公司100%股权的公允价值（包括子公司持有的子公司的公允价值，但不包括子公司内部的商誉）的差额。这是因为非同一控制下的合并，通常不考虑合并各方的账面价值，而是基于公允价值。

因此，子公司持有的子公司的商誉不直接体现在合并财务报表的商誉项目中，而是体现在子公司作为整体的公允价值中。合并报表中的商誉是基于母公司对子公司的整体投资和子公司公允价值的差额计算得出的，而非简单相加各个子公司的商誉。