根据企业会计准则，专项应付款主要是用来核算企业承担的、需要通过完成一定业务或项目后归还的负债。当公司的安全隐患库关键岗位资质能力建设项目和民航支线航空公司安全运行保障能力建设研究项目完成后，如果有剩余的专项资金，根据准则，这部分未使用的专项资金通常应当按照相关规定和协议处理。如果协议或相关拨款文件允许，剩余的专项资金可以结转为其他收益，例如记入“其他收益——政府补助”科目。然而，这需要参照具体的拨款协议和政府补助政策，因为不同项目可能有不同的管理规定。在确保不违反拨款协议的前提下，剩余的专项资金在项目结束后可以被合理地结转并反映在利润表的相关项目中，如其他收益。因此，如果公司有权这样做并且符合协议规定，剩余的专项资金可以结转为其他收益-政府补贴。