在控股合并中，如果母公司的投资成本小于子公司净资产的公允价值，这种情况通常发生在非同一控制下的企业合并中。根据企业会计准则第20号——企业合并（2006），母公司应当将子公司所有可辨认资产、负债及或有负债以公允价值计量。如果母公司对子公司的投资（即长期股权投资）少于子公司100%公允价值的份额，那么差额会体现在合并报表中。

首先，母公司的长期股权投资成本与子公司可辨认净资产公允价值的差额，会调整资本公积。根据企业会计准则，这部分差额应记入“资本公积——资本溢价或股本溢价”科目，如果资本公积不足冲减，那么会进一步调整盈余公积和利润分配——未分配利润。

对于无形资产和固定资产，如果子公司账面上有这些项目，它们会被重估至公允价值，这个公允价值可能高于或低于其账面价值。如果公允价值高于账面价值，这部分增值不计入资本公积，而是体现在合并资产负债表中无形资产和固定资产的价值。

总结来说，母公司的投资成本与子公司公允价值的差额会调整资本公积，而无形资产和固定资产则按照公允价值调整其账面价值，体现在合并资产负债表中。