根据企业会计准则，以下选项会影响甲公司合并利润表中少数股东损益的有：

A. 乙公司将一项设备以低于账面价值的价格销售给甲公司，甲公司作为固定资产核算。在这种情况下，由于销售价格低于账面价值，会导致乙公司少确认一部分收益，这部分损失在合并报表中需要按比例分配给少数股东，因此会影响少数股东损益。

B. 甲公司将一笔闲置资金免息提供给乙公司使用，这实际上是一种变相的内部资金转移，虽然不涉及直接的损益影响，但如果免息，可能会被认为是一种变相的内部补贴，但这通常不会直接影响到合并利润表中的少数股东损益。

C. 乙公司将一批存货以高于成本的价格销售给甲公司，年末甲公司全部未对外售出该批存货。这部分未实现的内部销售利润在合并报表中需要被抵销，但不会直接影响少数股东损益，因为它代表了未来的潜在损益，而不是实际的损益。

D. 甲公司将一批存货以高于成本的价格销售给乙公司，年末乙公司全部未对外售出该批存货。这部分未实现的内部销售利润在合并报表中需要被抵销，其中归属于少数股东的部分会影响少数股东损益。

因此，影响甲公司合并利润表中少数股东损益的有选项A和D。