关于房地产开发企业土地增值税清算管理，下列说法正确的有：

A、对于分期开发的项目，通常是以分期项目为单位进行清算，因此A选项是正确的。根据国家税务总局的相关规定，土地增值税的清算单位通常是按国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行，对于分期开发的项目，确实是以分期项目为单位进行清算。

B、选项B中的表述不准确。实际上，是否进行土地增值税清算，不是由纳税人自行决定，而是有特定的触发条件，如项目符合清算条件的，纳税人应当按规定进行清算，而不是可自主选择。

C、开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，通常不会按项目整体计算增值额，而是需要分别计算和清算，因此C选项是不正确的。

D、应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续，所以D选项是正确的。

因此，正确的选项是A和D。