根据企业会计准则，子公司少数股东对子公司的债务进行豁免时，这部分经济利益应计入资本公积。如果子公司随后被注销，且在合并财务报表中，这部分资本公积的处理应当考虑以下几点：

1. 债务豁免导致的资本公积增加应当体现在子公司层面的资产负债表中，反映了子公司所有者权益的增加。
2. 当子公司被注销时，理论上，母公司需要将这部分资本公积转入母公司报表，这通常会导致母公司对子公司的长期股权投资账面价值的增加，因为这部分资本公积本质上是对子公司所有者权益的增加。
3. 在合并财务报表中，子公司层面的资本公积会与母公司对子公司的长期股权投资相互抵销，体现在合并资产负债表中，表现为“资本公积”或“股本溢价”。

因此，当子公司注销后，其资本公积应与母公司对子公司的长期股权投资相互抵销，体现在合并资产负债表的资本公积或股本溢价中。如果子公司注销，其所有者权益（包括资本公积）将并入母公司，但由于这部分资本公积是由于少数股东的债务豁免导致，因此在合并层面上，这通常被视为非控股股东对子公司的资本性投入，应保留在资本公积中。

需要注意的是，如果子公司注销，其资产、负债和所有者权益都将并入母公司，包括因债务豁免产生的资本公积。这部分资本公积在合并报表中不会被“释放”或分配给母公司，而是会体现在合并资产负债表的资本公积项目下，作为集团整体的权益组成部分。