根据个人所得税相关规定，乙公司在计算5月份应预扣预缴的个人所得税时，需要考虑孙某在甲公司的收入情况以及甲公司已经预扣预缴的税款。然而，具体的计算细节，例如累计预扣预缴的算法，税率表的应用，以及各项扣除的处理，通常涉及复杂的计算步骤，包括对全年的收入进行累计预扣预缴的计算。由于我目前没有具体的税率表和相关扣除标准，无法提供一个确切的数字。但乙公司在5月份预扣预缴个人所得税时，应当合并考虑孙某在两家公司的全年综合所得，减去允许的扣除项，然后适用相应的税率和速算扣除数来计算应纳税所得额。由于1月到3月甲公司已经预扣预缴了984.6元，乙公司在5月预扣预缴时需要确保孙某的累计预扣预缴税额正确无误。