当公司开具六个月银行承兑汇票并支付40%保证金时，会计分录如下：

1. 借：其他应付款 —— 保证金（或其他类似科目） 贷：银行存款 —— 保证金

在承兑汇票到期，银行收取剩余60%的金额时，由于保证金不退，这意味着企业需要在到期时一次性支付剩余的60%给银行，会计处理如下：

1. 借：一年内到期的非流动负债 —— 承兑汇票款（60%的金额） 贷：其他应付款 —— 承兑汇票款

当企业实际支付剩余60%给银行时，会计分录为：

1. 借：一年内到期的非流动负债 —— 承兑汇票款（60%的金额） 贷：银行存款

请注意，保证金部分不退回，意味着这部分资金已经作为企业对银行的债务，而到期支付给银行的60%视为企业的一项未来支付义务。在实际操作中，企业可能需要根据其内部政策和外部审计建议来调整这些分录的具体科目和处理方式。